吳敦義內閣今天總辭，各部會首長大搬風，新任閣揆陳冲於下午召開記者會，宣布新任內閣名單。新內閣包括：行政院副院長江宜樺、行政院秘書長林益世；而新任部會首長包括：內政部長李鴻源、農委會主委陳保基、財政部長劉憶如、經建會主委尹啟銘、教育部長蔣偉寧、青輔會主委陳以真、文建會主委龍應台、國科會主委朱敬一、公共工程委員會主委陳振川等。留任的閣員除有衛生署長邱文達外，還有國防部長高華柱、外交部長楊進添、法務部長曾勇夫、交通部長毛治國、新聞局長楊永明、經濟部長施顏祥、央行總裁彭淮南、陸委會主委賴幸媛、體委會主委戴遐齡、中選會主委張博雅及原能會主委蔡春鴻等。根據衛生署網頁指出，邱文達曾任萬芳醫院院長、雙和醫院院長，教職部分曾任臺北醫學大學教授、系主任及校長等職。個人專長為神經外科、流行病學、傷害防治和品質管理。※圖為留任衛生署長邱文達。（翻攝自邱文達臉書粉絲專業）
衛生署主辦的食品安全會議今天（22日）進行第2天的議程，下午進行總結報告，針對塑化劑引起的風暴，就食品管理提出改革方案，行政院長吳敦義也到場，他表揚衛生署長邱文達以及衛生相關單位的表現。而民進黨立院團今天指5月31日「D－day」後，幾乎每日一爆，批政府處理不力，吳揆也強硬回應。全國食品安全會議21日舉行第一天議程，根據專家學者會議討論，決定採取歐盟的每人每日每公斤體重容忍值（TDI）；歐盟依據科學證據，針對5種常用塑化劑訂出每人每日每公斤體重的容忍值，塑化劑DEHP容許值是50微克、DBP為10微克、DIDP及DINP為150微克、BBP為500微克。今天第二天議程，就食品添加物管理以及食品製造業管理提出改革方案，做出結論，希望未來在食品安全上面，做好最嚴密的把關動作。吳敦義表示，塑化劑事件發生後，邱署長的積極處理、加上衛生署以及食品衛生管理局充分的協調，在約一個月時間把塑化劑衝擊穩定下來，馬英九總統也予以肯定。吳敦義說，為了保障國人的飲食安全，政府責無旁貸，對塑化劑事件處理過程中追本溯源、盡力平息震盪，衛生相關單位與檢警同仁也努力去調查，將不法業者繩之以法，政府並盡國際義務，向全世界有出口的16個國家進行通報；未來必須建立更嚴謹的制度，中央政府到地方都要定期成立食品藥物專案會報。此外，民進黨立院團今天指5月31日「D－day」後，幾乎每日一爆，不但有塑化果汁出現、軍糧也發現含塑化劑，猛批政府處理上漏洞百出。對於民進黨的指控，吳敦義回應說，國民黨執政3年，沒有早點發現塑化劑事件，我們感到抱歉，「不過政府在事件發生後，也是盡全力去處理、追蹤，並徹查嚴辦，既然政府在積極處理，綠營就不應再說風涼話，不然民進黨過去執政8年，是都在睡夢中嗎？」
針對受塑化劑污染食品銷往海外，重創台灣國際聲譽，行政院長吳敦義今（2）天請經濟部儘速公告，對衛生署公告的5大類食品，必須檢附衛生署指定的檢驗認證機構出具的合格證明文件才能出口，同時也要求衛生署及經濟部積極推動食品添加物工廠設廠標準及GMP制度，並輔導食品及食品添加物工廠建立食品原料管理及履歷制度。吳敦義並指示，對受污染下架食品的銷毀，請衛生署及環保署擬訂妥善作法，公開及嚴密監控，務必做到完全銷毀，且不能產生二次污染環境問題。吳敦義說，目前國內生產起雲劑的21家製造或供應商源頭已全部完成清查，確定昱伸及賓漢兩家違法添加塑化劑，並已追查確認244家中下游廠商使用其產品，所查獲的污染產品已全部下架。至於外傳黑心廠商疑似脫產，吳敦義也指示法務部提醒檢調單位嚴防違法業者脫產、串供、湮滅證據，並就掌握的帳冊、進銷貨資料，追查違法產品的流向，請檢察機關儘速偵辦，使違法者負起應有的責任，同時在不違反偵查不公開的原則下，適時提供相關資料給專案小組做必要處理，以確保民眾健康。
針對世界衛生組織發函將台灣稱為中國的一省，行政院長吳敦義表示，世界衛生組織暗地發函的做法「有點偷偷摸摸」，行政院方面將此次事件定調為單一事件，吳敦義強調，台灣接受「明」的邀請，出席、但也要用適當方式宣示立場；至於要怎麼表達立場，「牌不宜現在就掀開」，衛生署副署長蕭美玲則說，參加世衛大會以開會為主，但會用適當方式嚴重抗議，至少有書面抗議。 由於事件持續擴大，馬英九總統10日中午親上火線，認為世衛應該是受到大陸方面的壓力，馬總統並呼籲大陸應該累積互信、續創雙贏，「過去3年兩岸在建立互信上已有些成果，應該珍惜，不要在此時走回頭路，否則傷害台灣人民的感情，對兩岸極為不利」。除了馬總統提出抗議外，行政院方面則定調為單一事件，不希望此事無限上綱，最後影響到兩岸關係的發展，吳敦義強調，他在2005年時看報紙就已經知道當時世界衛生組織就用中國台灣省稱呼台灣，這次台灣收到參加世界衛生大會的正式邀請函，是以中華台北（Chinese Taipei）為名，並且是以部長級（minister）身分邀請衛生署長邱文達出席。台灣是以中華台北被邀請去的，希望「不要拿一個秘密通信，就拿來羞辱自己」。 吳敦義也說，民進黨執政時台灣就有被打壓的問題，這次爭議是國際局勢的現實使然，「空口說白話是不能解決的」， 政府會繼續抗議，「但有些國家理我們，有些國家不理我們，這是國際局勢現實。」
