16日衛生署邀集19個中央部會及9個轄內有港埠設施的縣市政府，在國家衛生指揮中心舉辦流感大流行的功能性兵棋推演，檢視發生嚴重流感大流行導致醫療體系瀕臨崩潰及社會失序時，中央及地方政府的緊急應變及持續營運機制能否有效運作，確保民眾及國家安全。本演習的情境為國內由境外移入H5N1新型流感個案爆發社區聚集事件，甚至發生輸出確定病例至國外事件，疫情一開始，側重在醫療衛生因應等防疫議題，之後轉變為對社會各層面的衝擊，政府的應變重點也延伸至政府各部門的關鍵設施防護及持續運作。本演習除檢視大規模疫情爆發後，中央部會及縣市政府的緊急處置及危機應變量能外，同時也測試各項命令流及資訊流的順暢度及穩定性。本次演習邀集國內相關專家學者擔任指裁委員，對演習過程提出以下建議，包括若干機關動員層級及範圍不夠，建議改善；各機關的備援地點設備，尚有改善空間；對於防疫物資與醫事人力調配，建議增訂備援計畫；中央部會對於造成社會失序的嚴重疫情應變，建議更加積極甚至提升至國安層次；最後建議強化媒體的處理及危機的溝通。疾病管制局表示，雖然世界衛生組織在去年8月10日宣布H1N1新型流感大流行結束，進入「後大流行期（post pandemic period）」，不過建議各國應持續進行疫情監視，以偵測下一波可能的流行，並鼓勵各國檢視及評估防治作為。且其他流感病毒造成大流行的威脅並沒有因此消失，像是H5N1禽流感病毒目前在亞洲地區仍持續出現人類病例，因此對於大流行的相關預防工作不能鬆懈。
