未來醫師繳稅的方式將會有所更動，根據財政部最新的解釋命令指出，未來醫師與醫院的關係不再是「駐診拆帳」，而是「僱傭」關係，也就是說未來醫師的酬勞將會納入「所得」，而不再是「執行業務所得」，無法打八折之後報稅，這樣新政策將會在明年（102）報稅時適用。財政部日前依行政院衛生署意見，自本（101）年度起，只有私人診所或是聯合診所等個別開業醫師，可以使用執行業務所得，其他公私立醫療機構、醫療法人及法人附設醫療機構等所聘僱的醫師，將會列為薪資所得。財政部表示，執行業務所得的「駐診拆帳」，是指醫療機構與西醫師間無僱傭關係，駐診醫師提供醫療專業知識與技術，而醫療機構提供護理人員、醫療器材及場所，雙方按駐診收入依合約所訂拆帳比例給付報酬而言。但是根據行政院衛生署的解釋，醫療機構與醫師間沒有駐診拆帳或合夥的法律關係，在大醫院上班的醫師應認定為僱傭關係，所以必須以薪資所得課稅。這件事情的緣起是長庚醫院藉著駐診拆帳的名義，超收醫師健保費，並且協助醫師逃稅，讓前衛生署長楊志良槓上了長庚醫院，最後長庚醫院罰款4億元了事，為了避免類似事件再度發生，因此財政部經楊志良前署長明確回復後，決定從今年開始醫療機構與醫師不具駐診拆帳或合夥法律關係，而是「僱傭關係」，所得將會列為薪資所得，關閉醫師避稅的巧門。
