塑化劑風暴發生之後，衛生署為避免民眾恐慌，陸續委請含衛生署所屬醫院在內共131家醫院開設健康諮詢門診，提供有健康疑慮之民眾相關諮詢診療服務。自100年5月28日開設迄今，累計服務量共計4191人次（包括署立醫院1138人次）。自7月起各醫院健康諮詢門診每日服務量合計人次已降至個位數，顯見塑化劑健康諮詢門診已達成階段性緊急任務，所以自8月10日起回歸醫療常態作業，如民眾後續有相關就診需求，則可至家醫科、婦產科、小兒科門診等，得到協助。健康諮詢門診之開設係衛生署邀請公衛、毒物學之專家學者及中華民國兒科、婦產科、泌尿科等相關醫學會代表共同召開研商會議後所建議辦理，以解除民眾之憂慮為目標，基於醫學專業見解與醫療之必要性，提出諮詢門診之診療建議，對於就診民眾詳問病史與接觸史，包括是否長期使用食品藥物管理局（FDA）所公布之摻有DEHP飲料，並進行詳細之身體理學檢查，特別是女童性早熟徵象及男童之泌尿生殖器官，如有異常發現，則轉至小兒、婦產或泌尿等專科門診接受進一步追蹤檢查。累計有54人次轉介至專科門診進行後續追蹤，除發現4名隱睪症男童、1名女童有性早熟現象及1名男童睪固酮檢查數值偏低外，其餘均為正常。對於行政院消保會等單位所受理遭塑化劑污染食品申訴案之民眾，衛生署所屬醫院主動提供醫療關懷，除已寄送 邱文達署長親署的關懷信函計674件，及完成619件之追蹤關懷電話，並由國家衛生研究院會同衛生署所屬醫院對於已同意接受後續醫療輔導或健康諮詢門診之298人，安排後續之健康追蹤或醫療服務。衛生署每週管控追蹤案件後續處理進度，以積極展現政府的關懷作為。此外，國家衛生研究院亦已獲國家科技預算補助2.5億元，成立「國家環境毒理研究中心」，將對於塑化劑等環境毒物可能對於民眾之健康風險與危害進行相關研究。
