子宮內膜異位症是造成女性不孕症的主要原因之一，如果子宮內膜異位症的病灶發生在卵巢，卵巢就會在每次月經來潮的時候出血，久而久之，卵巢就會長出裡面充滿積血的「巧克力囊腫」。患有子宮內膜異位症的女性，除了有不孕症的問題以外，也會有痛經和性交疼痛的問題。臺安醫院婦產科 - 周輝政醫師指出，卵巢巧克力囊腫一直是不孕症醫師的一大挑戰，過去認為巧克力囊腫和子宮內膜異位症，會在腹腔裡面分泌某些對卵子有害的物質，影響受孕和胚胎著床的能力，因此許多醫師會建議先開刀清除巧克力囊腫以後，再進行試管嬰兒。最近芬蘭的Tampere大學婦產科，針對患有巧克力囊腫的不孕症患者進行治療效果分析，其中有45位患者卵巢有巧克力囊腫（其中有36位曾經因為巧克力囊腫開過刀），另外55位都曾經因為巧克力囊腫開過刀，目前則沒有巧克力囊腫。研究結果卻發現卵巢有巧克力囊腫的一組，試管嬰兒的成功率並不比另一組差。主持研究的Tinkanen醫師認為，巧克力囊腫是一種復發率很高的疾病，通常開刀之後第一年就有百分之八到百分之十一的病人會重新長出巧克力囊腫。醫師為了減少復發率，會更徹底的清除巧克力囊腫的病灶，結果導致要切除更多的卵巢組織。因此開刀以後進行試管嬰兒的治療時，就需要用到更大量的排卵藥物，所能取到的卵子也較少。周輝政醫師表示，在同一個研究中有提到，過去大家一直認為巧克力囊腫會增加流產的機會，但是這一個研究的結果發現，巧克力囊腫並不會影響到胚胎的著床。因此Tinkanen醫師認為1到7公分的巧克力囊腫，並不會影響到試管嬰兒的成功率。Tinkanen醫師也提到，這篇研究並不代表所巧克力囊腫都不需要開刀，如果無法確定腫瘤的性質，或是有厲害的經痛症狀，仍然必須考慮開刀。如果只是因為不孕症需要進行試管嬰兒治療，倒是並不一定需要先進行巧克力囊腫的切除。周輝政醫師建議必須先和醫師討論各種治療的可能性，以後由醫師判斷最好的治療方針。
